高等学校在许多领域里，尤其在自然科学基础理论研究的大多数领域里以及在人文科学领域里是研究工作专业方面最重要的负责部门。对新的研究来说，它们往往是起决定性作用的基地。

高等学校中的应用性基础理论研究越来越重要。在应用性研究和开发方面，高校同其他的研究机构及工业部门的实验室进行合作。这就促进和加速了它们的理论知识向实践的转化。在这个领域里，高等专科学校也起着重要作用。尤其是对于中小企业，它们是重要的商谈伙伴。

与高等学校的工作密切联系的是设在杜塞尔多夫、格廷根、海德堡、莱比锡、美因兹、慕尼黑的科学院以及1992年新建的柏林－勃兰登堡科学院。它们是科学界进行交流的中心，主要支持长期的人文科学项目，例如出版百科词典和论集。使基本装备由各州负责的高校科研工作得益匪浅的是第三个最大的向高校提供资金者德国研究协会（DFG）的研究资助。仅该协会审查处理的普遍科研资助申请就有将近14000项，创造了新纪录。这生动地反映了德国科研界，特别是德国高等学校的活力和革新能力。德国研究协会从联邦和各州得到资助经费，1998年约为25亿马克。

促进科学事业发展的马克斯·普朗克学会（MPG）是大学以外最大的研究机构，经费绝大部分由联邦和州拨款。它在德国约有80个尖端水平研究机构，并正在新联邦州建立新的机构。马普协会在它的设施中促进超出大学范围的或者需要特别大型设备的基础理论研究。

国家研究政策方面的一个重要工具是联合在德国研究中心海尔姆霍尔茨工作组中的16个大型研究机构，其资金来源的90％靠联邦（联邦教育与研究部）提供，科研机构所在地的州各出10％。它们的任务从研究最小的物质结构、航空与航天直至癌症研究或环境与气候研究。

1995年为未来树立了以下目标：

科研与其成果在经济界应用之间的重要联系纽带是促进应用研究的弗劳恩霍夫尔协会。该协会下属的大约50个研究所接受委托，首先为经济界在自然科学与技术领域里进行研究工作。

联邦德国各大科学基金会也起着重要作用，如弗里茨－蒂森基金会以及大众汽车基金会。它们以及德国科学捐助者联合会特别是高校科研界中求助者甚众的资助机构。由联邦资助的亚历山大·冯·洪堡基金会向外国科学家提供在德国进行研究和德国科学家在外国进行研究的机会并资助各国杰出科学家的考察旅行。

今天，国家的许多任务若无科学的准备工作及咨询几乎无法完成。联邦的众多科研机构，如联邦卫生保健宣传中心或联邦环境署以及各州的科研机构在这方面积极进行工作。